Οι μαθητές συνεχίζουν να εισάγονται με κλήρωση, σύμφωνα με τον νόμο 1566/85 και το διδακτικό προσωπικό, όπως όλοι οι καθηγητές που υπηρετούν στα Πειραματικά Σχολεία της χώρας, συνεχίζει να επιλέγεται με βάση τα επαυξημένα προσόντα του (μεταπτυχιακοί τίτλοι σπουδών, διδακτορικό δίπλωμα, εξειδίκευση κ.λ.π.).
Κατά τη διάρκεια κάθε σχολικής χρονιάς, οι καθηγητές, τόσο του Γενικού Πειραματικού Λυκείου της Βαρβακείου Σχολής όσο και του Βαρβακείου Πειραματικού Γυμνασίου, στο πλαίσιο των υποχρεώσεών τους που απορρέει από την εφαρμογή του νόμου 1566/85 για τα πειραματικά σχολεία παρουσιάζουν σε συνεργασία με τους Σχολικούς Συμβούλους των διαφόρων ειδικοτήτων ή με τους επιμορφωτές των Περιφερειακών Επιμορφωτικών Κέντρων (Π.Ε.Κ.) ειδικά σχεδιασμένες διδασκαλίες για νεοδιόριστους εκπαιδευτικούς. Επιπλέον, πραγματοποιούν δειγματικές διδασκαλίες για τους προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές των καθηγητικών πανεπιστημιακών σχολών, στους οποίους δίνεται με τον τρόπο αυτό η ευκαιρία να έρθουν σε επαφή με διαφορετικές διδακτικές προσεγγίσεις των γνωστικών αντικειμένων που θα κληθούν στη συνέχεια να διδάξουν στο Γυμνάσιο και/ή στο Λύκειο.
Το Βαρβάκειο Πειραματικό Γυμνάσιο και το Γενικό Πειραματικό Λύκειο της Βαρβακείου Σχολής συνεπή στην παράδοση του Βαρβακείου επιδιώκουν, παράλληλα με τις γνώσεις, την πνευματική ανάπτυξη και την αισθητική καλλιέργεια των μαθητών, τη δημιουργική τους έκφραση και την ευαισθητοποίησή τους σε θέματα που αφορούν το στενότερο και το ευρύτερο περιβάλλον τους. Αυτό αποδεικνύει με τον καλύτερο τρόπο η υλοποίηση πολλών προγραμμάτων, ΕΠΕΑΕΚ, Υγείας, Περιβαλλοντικών, Πολιτιστικών, Θεατρικών, Πολιτιστικών Ανταλλαγών, Αδελφοποιήσεων, Comenius, ΣΕΠΠΕ.
Το 2000 και το 2001 τα έργα «Ιφιγένεια εν Ταύροις» του Ευριπίδη και «Όρνιθες» του Αριστοφάνη παρουσιάζονται από μαθητές του Βαρβακείου, το πρώτο στο Θέατρο Παπάγου και το δεύτερο στο ανοικτό θέατρο των Δημοτικών Σχολείων Ψυχικού. Έκτοτε, οι θεατρικές αναζητήσεις παρουσιάζονται στο πλαίσιο της πολιτιστικής ημερίδας ή διημερίδας που γίνεται στο τέλος της σχολικής χρονιάς στον χώρο του σχολείου, το πολιτιστικό απόγευμα.
Οι εκπαιδευτικοί επιδιώκουν να προσφέρουν στους μαθητές τα οφέλη της επικοινωνίας με συμμαθητές τους από άλλα σχολεία της Ελλάδας με συμμετοχή σε Μαθητικά Συνέδρια, αλλά και με μαθητές του εξωτερικού, με επισκέψεις στα σχολεία τους και παρακολούθηση μαθημάτων στο πλαίσιο θεματικών ταξιδιών.
Το 2002 ξεκινά τη λειτουργία της η βιβλιοθήκη του Βαρβακείου Πειραματικού Γυμνασίου. Φέρει την επωνυμία «Βιβλιοθήκη Α. Γ. Σαρή» ως ελάχιστο φόρο τιμής στον επί σαράντα τρία χρόνια (1907-1951) υπηρετήσαντα στο Βαρβάκειο καθηγητή φιλόλογο Αλέξανδρο Γ. Σαρή, δωρεά του οποίου είναι ο κεντρικός κορμός της. Η βιβλιοθήκη περιλαμβάνει περίπου 6.000 βιβλία, φυλλάδια και περιοδικά που έχουν εκδοθεί στα τέλη του 19ου και τις αρχές του 20ου αι., το προσωπικό αρχείο του Α. Γ. Σαρή καθώς και νέες εκδόσεις βιβλίων, σχολικά εγχειρίδια, cds και εκπαιδευτικά λογισμικά.
Tη δεκαετία 2000-2010 με δαπάνη του Βαρβακείου Ιδρύματος γίνονται πολλές εκδόσεις περιοδικών και εντύπων. Συνεχίζουν να εκδίδονται τα μαθητικά περιοδικά «Πυρφόρος» του Γενικού Πειραματικού Λυκείου της Βαρβακείου Σχολής και «Λογοείδωλο» του Βαρβακείου Πειραματικού Γυμνασίου και μάλιστα, με αφιερώματα για τον Α. Γ. Σαρή το Λεύκωμα του 2007-2008 και για τον Γ. Ρίτσο το Λεύκωμα του 2009-2010. Λευκώματα εκδίδονται και από τους τελειόφοιτους μαθητές του Γενικού Πειραματικού Λυκείου της Βαρβακείου Σχολής. Εκδίδονται, επίσης, έντυπα όπως τα: «Βαρβάκειο Πειραματικό Γυμνάσιο. Το σχολείο μας», «Βαρβάκειο Πειραματικό Γυμνάσιο. Varvakeion Experimental Junior High School.Varvakio College Experimental. Experimentales Gymnasium Varvakeion», «Ο διπλανός μου είναι διαφορετικός», «Σελίδες αφιερωμένες στον Αλέξανδρο Σαρή», «Les coins lumineux de Paris», «Ελλήνων Διατροφή. Μέτρον Άριστον» κ.ά.