Τα δύο «Βαρβάκεια Γυμνάσια» συνεχίζουν να λειτουργούν στο διδακτήριο του Βαρβακείου, στο τετράγωνο που ορίζουν οι οδοί Σωκράτους, Αρμοδίου, Αριστογείτονος και Αθηνάς, το δε «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον» συνεχίζει τη λειτουργία του στο κτήριο της οδού Βουλής. Μάλιστα, οι αίθουσες του ισογείου που είχαν διασκευαστεί ειδικά για τα Τεχνικά μαθήματα, από το 1892 παραχωρούνταν το βράδυ, τις ώρες 7-10 μ.μ., στη «Βιοτεχνική Σχολή», το λαμπρό σχολείο το οποίο ίδρυσε ο Κυπάρισσος Στέφανος για τους εργαζόμενους την ημέρα τεχνίτες και άλλους μαθητές και το διηύθυνε για πολλά έτη μέχρι τον θάνατό του.
Στη μεγάλη αίθουσα του επάνω ορόφου του διδακτηρίου του Βαρβακείου διεξήχθη η δίκη των Γ. Καρδίτση και Ι. Κυριακού, οι οποίοι στις 14 Φεβρουαρίου 1898 αποπειράθηκαν να φονεύσουν τον βασιλιά Γεώργιο, στη θέση του Αγίου Σώστη της Λεωφόρου Συγγρού.