Από το 1930 με νέο νόμο ιδρύθηκαν οι «Σχολαί Μέσης Εκπαιδεύσεως». Αυτές (εξατάξιες) είχαν κοινές (με όμοιο πρόγραμμα) τις δύο κατώτερες τάξεις, τις δε τέσσερις ανώτερες διαιρεμένες σε δύο τμήματα με διαφορετικό πρόγραμμα, το «Κλασσικό Τμήμα» και το «Πρακτικό». Νομοθετήθηκαν δε σε αυτές δύο διευθυντές, ένας φιλόλογος για το «Κλασσικόν Τμήμα», ένας φυσικός ή μαθηματικός για το «Πρακτικόν». Αλλά η διοίκηση θεσπίσθηκε ενιαία και το μεν ένα έτος διευθυντής του όλου σχολείου ονομαζόταν ο φιλόλογος και ο μαθηματικός ή φυσικός καλούνταν υποδιευθυντής, το δε άλλο έτος διευθυντής ονομαζόταν ο μαθηματικός ή φυσικός και υποδιευθυντής ο φιλόλογος. Σύμφωνα με αυτό τον νόμο και τα Πρότυπα στο Βαρβάκειο ονομάσθηκαν «Βαρβάκειος Πρότυπος Σχολή Μέσης Εκπαιδεύσεως».
Από το 1930-1931, επειδή οι μαθητές των Προτύπων έρχονταν από όλη την Αττική, είχε δε αποδειχθεί ότι η μεσημβρινή εργασία δεν είναι τόσο αποδοτική, αποφασίσθηκε τα σχολεία να λειτουργούν από της 8ης π.μ. (τους χειμερινούς μήνες 8.30’) μέχρι της 1.30΄-2 μ.μ. ώρας (τις τελευταίες ώρες αναγράφονταν στο πρόγραμμα ελαφρότερα μαθήματα, γυμναστική, ιχνογραφία, μουσική), ώστε οι μαθητές να έχουν ελεύθερα τα απογεύματα για μελέτη και να μην ταλαιπωρούνται και εκνευρίζονται με την αγωνία να προφτάσουν έγκαιρα τα μεταφορικά μέσα κατά την αναχώρησή τους και την επάνοδό τους στο σχολείο, κυρίως όσοι κατοικούσαν μακριά.
Το 1938 ο Ιωάννης Μεταξάς, έπειτα από πολλές διασκέψεις και συμβούλια ειδικών, προέβη σε νέα οργάνωση της εκπαίδευσης. Αποφάσισε να παραλαμβάνει τους μαθητές στα Γυμνάσια από την Δ΄ τάξη του Δημοτικού Σχολείου και ίδρυσε τα αποκληθέντα Οκτατάξια Γυμνάσια. Έτσι και στη «Βαρβάκειον (Πρότυπον) Σχολήν» λειτούργησε από τη χρονιά εκείνη (1938-1939) και η Α΄ τάξη του Οκταταξίου με δύο τμήματα από 40 μαθητές το καθένα. Οι μαθητές της τάξης αυτής προάγονταν στην Β΄, Γ΄ και τις επόμενες τάξεις, οι οποίες για να διακρίνονται από τις παλαιές ονομάζονταν «Τάξεις Γυμνασίου Νέου Τύπου».
Και για το Βαρβάκειο ειδικά ασχολήθηκε ο Ιωάννης Μεταξάς. Επειδή ο τότε Υπουργός Διοικήσεως Πρωτευούσης και τέως δήμαρχος Αθηναίων Κωνσταντίνος Κοτζιάς ήθελε, όπως φαίνεται, τον χώρο του σχολείου, δημοσίευσε το 1939 τον Α. Ν. 1904 «περί εκποιήσεως του κτηρίου του Βαρβακείου Λυκείου μετά του περιβόλου του» (Φ.Ε.Κ. 394/1939). Με αυτόν επιτράπηκε η εκποίηση του Διδακτηρίου και της περιοχής του με δημόσιο διαγωνισμό «άτε του σκοπού του διαθέτου καθισταμένου απολύτως ανεφίκτου εφεξής, λόγω της παλαιότητος του κτηρίου και του σήμερον ακαταλλήλου της θέσεως, ένθα κείται τούτον». Με την ίδια διάταξη επιτράπηκε η απ’ ευθείας προς τον Δήμο Αθηναίων εκποίηση αντί συνολικού τιμήματος 22.000.000 δραχμών. Το από την εκποίηση τίμημα προβλεπόταν να διατεθεί «δια την απόκτησιν γηπέδου, ανέγερσιν πλήρους και συγχρονισμένου διδακτηρίου προς στέγασιν της Βαρβακείου Προτύπου Σχολής μεθ’ όλων των παραρτημάτων αυτής και του Διδασκαλείου Μέσης Εκπαιδεύσεως όπερ διδακτήριον θα φέρη την ονομασία «Βαρβάκειον Λύκειον». Η πρόθεση αυτή του Κωνσταντίνου Κοτζιά δεν πραγματοποιήθηκε λόγω των επελθόντων γεγονότων.