Ο διευθυντής Φιλόθεος Εμμ. Στεφανάκος, φυσικός, ο οποίος ανέλαβε τα καθήκοντά του την 11η Οκτωβρίου 1910, υπέδειξε στο Υπουργείο ότι ήταν ορθό, το «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον», που τόσους ωραίους καρπούς είχε αποδώσει μέχρι τότε, να μεταφερθεί στο διδακτήριο της Αγοράς, το οποίο έφερε και τον τίτλο «Βαρβάκειον Λύκειον» και να εξοικονομηθεί στέγη σε άλλες συνοικίες της Αθήνας για τα δύο σ’ αυτό λειτουργούντα κλασσικά Γυμνάσια. Αυτό πραγματοποιήθηκε και στις αρχές του Σεπτέμβρη 1911 εγκαταστάθηκε το «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον» (σχολείο) στο «Βαρβάκειον Λύκειον» (διδακτήριο). Τα δύο κλασσικά Γυμνάσια στεγάσθηκαν το μεν Α΄ Βαρβάκειον στο Παγκράτι, ως Ζ’ Γυμνάσιο, το δε Β΄ Βαρβάκειον, στην περιοχή του Λυσιατρείου, ως Η΄ Γυμνάσιο Αθηνών.
Το «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον» εγκαταστάθηκε στον επάνω όροφο του διδακτηρίου της Αγοράς, στον κάτω όροφο παρέμειναν τα δύο Ελληνικά Σχολεία, το ένα στη δεξιά πλευρά του οικοδομήματος, το άλλο στην αριστερή. Οι αίθουσες αυτές καθώς και αυτές στο ισόγειο χρησιμοποιήθηκαν κατά τις νυχτερινές ώρες από τη Βιοτεχνική Σχολή, η οποία παρακολούθησε το «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον» κατά τη μετακόμισή του και η οποία λειτούργησε εκεί μέχρι το 1932, όταν τελείωσε η οικοδομή του λαμπρού προς τα δυτικά του Βαρβακείου ιδιόκτητου μεγάρου της, μεταξύ της οδού Θεάτρου και της οδού Μενάδρου.
Το «Βαρβάκειον Λύκειον» εφοδιάσθηκε από τον Ιανουάριο 1912 με νέα ωραία δίεδρα θρανία βαθέως πράσινου χρώματος και μεγάλους πίνακες κατασκευασμένους στα εργαστήρια του Ορφανοτροφείου Χατζηκώστα, με ωραίους χάρτες και άλλα όργανα Φυσικής και Χημείας, ειδικά παραγγελθέντα στη Γερμανία.
Η μεγάλη αίθουσα του επάνω ορόφου χρησιμοποιήθηκε κατά τις εργάσιμες ημέρες ως αίθουσα διδασκαλίας της Ζ΄ τάξεως. Αυτή είχε μήκος περίπου 13 μ., πλάτος 9, προεκτεινόταν δε προς Β. άλλα 3 μ. σε δάπεδο ψηλότερο της άλλης αίθουσας κατά 0,40 μ., στο οποίο ανέβαινε κάποιος με τρεις μαρμάρινες βαθμίδες. Δύο κίονες μαρμάρινοι, ιωνικού ρυθμού, με αντίστοιχες παραστάδες, χώριζαν το τμήμα αυτό από την άλλη αίθουσα. Το μέρος αυτό της αίθουσας χωρίσθηκε κατ’ αρχάς με ξύλινο φράγμα και χρησιμοποιήθηκε ως γραφείο του διευθυντή, αργότερα αποσύρθηκαν τα ξύλινα διαχωρίσματα κι εγκαταστάθηκε εκεί η πλούσια Βιβλιοθήκη του σχολείου. Μετά το 1920 εκεί έπαιρνε θέση η χορωδία του σχολείου στις εορτές. Η αίθουσα είχε άπλετο φως που έμπαινε από πέντε μεγάλα ανατολικά παράθυρα, το δε ύψος της, όπως και όλου του δευτέρου ορόφου του οικοδομήματος, ήταν περίπου 6 μ. Άλλη μεγάλη αίθουσα, διαστάσεων 9Χ9 μ., αποτελούσε τη συνέχειά της προς νότο, με τρίφυλλη, μεγάλη, ξύλινη, πολύ υψηλή πόρτα. Στις εορτές του σχολείου ανοίγονταν τα φύλλα της πόρτας και ο χώρος αυτός προσετίθετο στον χώρο της μεγάλης αίθουσας, αποτελώντας, έτσι, μία αίθουσα μήκους σχεδόν 25 μ.
Η αίθουσα αυτή πολλά θα είχε να πει, εάν είχε ψυχή. Ήταν η επίσημη αίθουσα στην οποία επί δεκάδες χρόνια γίνονταν, παρουσία των γονέων και κηδεμόνων, οι πανηγυρικές κατά τον Ιούνιο προφορικές εξετάσεις των μαθητών των Βαρβακείων Γυμνασίων κατ’ αρχάς και του Πρακτικού Λυκείου στη συνέχεια.
Το 1915 το διδακτήριο του «Βαρβακείου Λυκείου» επιτάχθηκε για τις πολεμικές ανάγκες, πρώτα μεν από τον στρατό, έπειτα δε από τη Διοίκηση της Χωροφυλακής, το δε σχολείο λειτουργούσε τις απογευματινές ώρες σε άλλα σχολικά οικήματα, συγκεκριμένα, κατά το σχολικό έτος 1916-1917 σε Γυμνάσιο στην οδό Μενάνδρου, έπειτα δε από το 1917-1919 στο Α΄ Γυμνάσιο αρρένων στη μικρή οδό Βόγλη, κοντά στο τέλος της οδού Αδριανού.
Επανειλημμένα διαβήματα της διεύθυνσης του Σχολείου και του Υπουργείου Παιδείας προς το Υπουργείο Εσωτερικών και τη Διεύθυνση Χωροφυλακής, για να λυθεί η επίταξη του διδακτηρίου στην αγορά και να λειτουργήσει κανονικά το «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον» (το οποίο εξακολουθούσε να είναι το μόνο πρακτικής κατευθύνσεως σχολείο σε όλη την Επικράτεια), παρέμειναν ατελέσφορα. Τέλος, τη λύση πέτυχε ένα μέλος μιας Γαλλικής Αποστολής από πέντε καθηγητές, την οποία ο Βενιζέλος τον καιρό που βρισκόταν στο Παρίσι παρακάλεσε να σταλεί στην Ελλάδα «δια την οργάνωσιν των Πρακτικών Λυκείων», για να δείξει ότι η Ελλάδα είχε φιλικές διαθέσεις προς τη Γαλλία και πως από αυτήν αντλούσε τα φώτα και σε αυτή κατέφευγε στα μεγάλα ζητήματά της.
Η αποστολή αυτή, που αποτελούνταν από έναν φιλόλογο, έναν ιστορικό, έναν μαθηματικό, έναν φυσικό και έναν καθηγητή του Σχεδίου, ήρθε στην Αθήνα τον Φεβρουάριο του 1919. Αποφασίσθηκε τότε να παρακολουθήσουν οι Γάλλοι, κατά το διάστημα από την άφιξή τους μέχρι τις διακοπές, τους Έλληνες καθηγητές, να μελετήσουν το εφαρμοζόμενο πρόγραμμα και τις εν γένει λειτουργίες του σχολείου και να υποβάλλουν κατόπιν τις προτεινόμενες μεταρρυθμίσεις για την καλύτερη οργάνωση του Σχολείου.
Επέστρεψε στο Παρίσι ο Ζαν Ζακ Πικ, ο καθηγητής του Σχεδίου και συνάντησε πολλές φορές τον Βενιζέλο, ο οποίος του έδωσε εντολή να επισπευσθεί το έργο της αποστολής. Ο Πικ στις αρχές του Σεπτεμβρίου παρουσιάσθηκε στους Διευθύνοντες την Χωροφυλακή και άρχισε να φωνάζει ότι το Βαρβάκειο οικοδόμημα πρέπει να αποδοθεί στον προορισμό του, ότι δεν είναι θεμιτό πέντε ανώτεροι καθηγητές, που έχουν αποσταλεί για να οργανώσουν το «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον» και να το καταστήσουν πρότυπο, να μισθοδοτούνται χωρίς να κάνουν κάτι σπουδαίο και ότι θα τα γράψει αυτά, για τα οποία έχει λάβει εντολή, στον Βενιζέλο, ο οποίος τους ξεσήκωσε και τους έστειλε εδώ. Ο Πικ κέρδισε, αλλά παρέλαβε το σχολείο σε πολύ κακή κατάσταση. Πέτυχε, όμως, πίστωση από το Υπουργείο, 100.000 χρυσών δραχμών και κατόρθωσε μέσα σε λίγες εβδομάδες, εργαζόμενος νύχτα και μέρα, να ανακαινίσει το κτήριο. Οι επισκευές τέλειωσαν γρήγορα κι έτσι το «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον», αφού περιπλανήθηκε επί τρία έτη σε ξένα σχολεία, επανήλθε στην ανακαινισθείσα κατοικία του. Τα μαθήματα άρχισαν τακτικά στις 23 Οκτωβρίου 1919.
Η Γαλλική Αποστολή ελάχιστα ή μάλλον τίποτα δεν προσέφερε στον κύριο σκοπό για τον οποίο είχε αποσταλεί, δηλαδή τη βελτίωση της λειτουργίας του Λυκείου και την εκπόνηση του νέου οργανισμού. Αυτοί που αποτέλεσαν την αποστολή, λαμπρά κατηρτισμένοι, ευγενέστατοι και εργατικότατοι, δεν αποδέχονταν τα τότε ισχύοντα στην Ελλάδα παιδαγωγικά συστήματα, ζητούσαν μάλιστα, ιδίως ο μαθηματικός, να διδάσκονται οι μαθητές περισσότερη ύλη μελετώντας την κατ’ ιδίαν. Ως προς τούτο είχαν προσκρούσει στην αντίδραση του Υπουργείου. Σε νέα σύσκεψη που έγινε στο Υπουργείο επαναλήφθηκε το ίδιο. Για να εξοικονομηθούν τότε τα πράγματα, η μεν συζήτηση για τον νέο οργανισμό και το νέο πρόγραμμα αναβλήθηκε πάλι για το τέλος του σχολικού έτους, αποφασίσθηκε δε να διδάσκουν οι Γάλλοι καθηγητές σε λίγους μαθητές των ανωτέρων τάξεων, όσους γνώριζαν γαλλικά, τις ίδιες ώρες κατά τις οποίες οι Έλληνες συνάδελφοί τους θα δίδασκαν τα αντίστοιχα μαθήματα στους άλλους συμμαθητές τους, οι οποίοι δεν γνώριζαν γαλλικά. Εξαίρεση αποτέλεσε ο Ζαν Ζακ Πικ ο οποίος είχε μάθει τα ελληνικά και ανέλαβε να διδάσκει σε όλους τους μαθητές έχοντας ως βοηθό του τον Έλληνα καθηγητή της Ιχνογραφίας.
Έτσι πέρασε το σχολικό έτος καθώς και μέρος του επόμενου χωρίς να γίνει πλέον συζήτηση για την αλλαγή του προγράμματος και του οργανισμού του Λυκείου. Στο μεταξύ ήρθε η 1η Νοεμβρίου 1920. Οι άλλοι καθηγητές της αποστολής αποχώρησαν μετά από λίγους μήνες. Εξαίρεση αποτέλεσε πάλι ο Ζαν Ζακ Πικ. Αυτός προσεταιρίσθηκε το κόμμα που νίκησε στις εκλογές και κατόρθωσε να προσληφθεί ως καθηγητής του Σχεδίου και στα Ανάκτορα και αργότερα διορίσθηκε διευθυντής του Διδασκαλείου Τεχνικής Εκπαιδεύσεως.
Επειδή είχαν πληθύνει τα μικρομάγαζα στον χώρο μεταξύ της ανατολικής πλευράς της αυλής και της οδού Αθηνάς, άλλα δε είχαν καταλάβει και τα μη υπάρχοντα πεζοδρόμια των οδών Αρμοδίου και Αριστογείτονος, οι οποίες περιέβαλαν από Β. και Ν. το Βαρβάκειο, και πολλά είχαν προσκολληθεί σαν όστρακα γύρω από τις τρεις προς τις οδούς πλευρές του οικοδομήματος κι επίσης, επειδή οι μαθητές για να μπουν στο σχολείο έπρεπε να περάσουν ανάμεσα από πάρα πολλούς ανθρώπους που πουλούσαν και αγόραζαν με αλαλαγμούς και αντεγκλήσεις, πολλές φορές διαγκωνιζόμενοι από αυτούς και σε καιρό βροχής να βουτηχτούν στις λάσπες, είχε πλέον αναγνωρισθεί ότι εν μέσω της ακαθαρσίας και της οχλοβοής δεν ήταν πρέπον να παραμείνει σχολείο, στο οποίο η φοίτηση απαιτούσε περισυλλογή, εντεταμένη προσοχή και εμβριθή μελέτη (εφ’ όσον οι αποφοιτώντες από αυτό μόνον κατόπιν αυστηρών εξετάσεων μπορούσαν να εισέλθουν στο Πολυτεχνείο και τις Στρατιωτικές Σχολές). Τα πράγματα επέβαλαν τη μεταφορά του «Βαρβακείου (Πρακτικού) Λυκείου» σε μέρος καθαρότερο και ησυχότερο.
Αυτό το κατάλαβε αμέσως μετά τους βαλκανικούς πολέμους η τότε Κυβέρνηση Βενιζέλου και το 1914 ψήφισε τον νόμο 573 με τον οποίο «επετράπη εις τον Υπουργόν της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως να εκποιήση δια δημοσίου συναγωνισμού το διδακτήριον του «Βαρβακείου Λυκείου» ή να παραχωρήση τούτο εις το Δημόσιον ή τον Δήμον, αντί ποσού οριζομένου παρά συνιστωμένης Επιτροπείας, εις ην ανετίθεντο επίσης και η μέριμνα της εξευρέσεως του καταλλήλου γηπέδου και της ανεγέρσεως του νέου διδακτηρίου».
Για να διευκολύνουν το έργο της Επιτροπείας αυτής οι τότε υπηρετούντες στο «Βαρβάκειον Λύκειον» καθηγητές, μετά από πολλές επισκέψεις και έρευνες στις συνοικίες της Αθήνας και πολλές συσκέψεις κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι καταλληλότερο οικοδόμημα για το Λύκειον ήταν το κτήριο της Ιππευτικής Σχολής στο Πεδίον του Άρεως, διότι βρισκόταν σε κεντρικότατο, αλλά και αθόρυβο σημείο της πόλης και με μικρές επιδιορθώσεις και προσθήκες θα μπορούσε να καταρτισθεί σε αρτιότατο εκπαιδευτήριο. Ο Α΄ Παγκόσμιος πόλεμος όμως και η είσοδος της Ελλάδας σε αυτόν ματαίωσαν τη μετακίνηση του σχολείου.