1990-2000

Οι μαθητές συνεχίζουν να εισάγονται με κλήρωση. Σύμφωνα με τον νόμο 1566/85 και το διδακτικό προσωπικό, όπως όλοι οι καθηγητές που υπηρετούν στα Πειραματικά Σχολεία της χώρας, συνεχίζει να επιλέγεται με βάση τα επαυξημένα προσόντα του (μεταπτυχιακοί τίτλοι σπουδών, διδακτορικό δίπλωμα, εξειδίκευση κ.λ.π.).

Από το 1996 το Βαρβάκειο Πειραματικό Γυμνάσιο συμμετέχει στο πρόγραμμα ΣΕΠΠΕ του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου που αναφέρεται στην «αναδιάταξη του σχολικού χώρου» με αίθουσες μαθημάτων και όχι τμημάτων. Συγκεκριμένα, διατίθενται: τέσσερις αίθουσες διδασκαλίας Φιλολογικών μαθημάτων (Αρχαίων και Νέων Ελληνικών), μία Ιστορίας, μία Κοινωνικών σπουδών, δύο Ξένων Γλωσσών, δύο Αισθητικής Αγωγής (Καλλιτεχνικών και Μουσικής), μία Πληροφορικής, μία Τεχνολογίας, δύο Μαθηματικών και δύο εργαστηρίων Φυσικής και Χημείας, όλες στον δεύτερο όροφο. Στον πρώτο όροφο υπάρχουν τα γραφεία της Διεύθυνσης, των Καθηγητών, Γραμματεία και Αίθουσα πολλαπλών χρήσεων. Στους διαδρόμους του δευτέρου ορόφου υπάρχουν μεταλλικοί φοριαμοί για να τοποθετούν οι μαθητές και των 12 τμημάτων τα προσωπικά τους αντικείμενα κατά τη διάρκεια της παρακολούθησης του ημερησίου προγράμματος διδασκαλίας. Έτσι, οι μαθητές μπορούν να μετακινούνται εύκολα στις αίθουσες μαθημάτων με τα απαραίτητα μόνο αντικείμενα. Όλες οι αίθουσες διδασκαλίας διαθέτουν βιβλιοθήκες, ντουλάπες και ικανοποιητικό αριθμό εποπτικών μέσων και οργάνων, σύμφωνα με τις αντίστοιχες διδακτικές ανάγκες (τηλεοράσεις, βίντεο, προβολείς, χάρτες, βοηθήματα κ.λ.π.). Η δαπάνη προέρχεται από το Παιδαγωγικό Ινστιτούτο (πρόγραμμα ΣΕΠΠΕ), το Βαρβάκειον Ίδρυμα, τη σχολική επιτροπή και τον Σύλλογο Γονέων και Κηδεμόνων.

Στο πλαίσιο των εξωδιδακτικών δραστηριοτήτων πραγματοποιούνται πολιτιστικές ανταλλαγές μαθητών του σχολείου με μαθητές του Κολεγίου Maxime Alexandre του Στρασβούργου.

Το 1990 οι μαθητές του Βαρβακείου με το έργο «Ο Σίσυφος είμαστε εμείς», βασισμένο σε σενάριο της Μ. Βαμβουνάκη, παίρνουν μέρος στον διεθνή διαγωνισμό που διοργάνωσε η «Επιτροπή για την Προώθηση του Θεάματος» του γαλλικού Υπουργείου Πολιτισμού με θέμα «Μπείτε μέσα στα ίχνη της παράδοσης» και αποσπούν το Α΄ Βραβείο. Το 1993 οι μαθητές του Θεατρικού Ομίλου ανεβάζουν μια δύσκολη και εν πολλοίς άγνωστη βυζαντινή τραγωδία τον «Χριστό Πάσχοντα», με την οποία κατοχυρώνουν τον χαρακτηρισμό τους ως ασυναγώνιστων στο μαθητικό θέατρο. Το 1995 στο θέατρο του Αρσακείου και στο Αθλητικό Κέντρο Νέου Ψυχικού παρουσιάστηκαν από μαθητές του Βαρβακείου οι παραστάσεις «Η Φαλακρή Τραγουδίστρια» του Ε. Ιονέσκο και «Άρθουρ Ρεμπώ και Τζιμ Μόρισον. Η ζωή και το έργο τους», ενώ το 1996 η Βουλή των Ελλήνων πρότεινε στο Βαρβάκειο να επαναλάβει στο πλαίσιο του προγράμματος «Βουλή των Εφήβων» την παράσταση «Πέρσες» του Αισχύλου, που είχε ανεβάσει το 1995 κατά τον εορτασμό του «Έτους Ιωάννη Βαρβάκη-250 χρόνια από τη γέννησή του». Η παράσταση που δόθηκε στο θέατρο του Λυκαβηττού έλαβε το Α΄ βραβείο.

Τη σχολική χρονιά 1995-1996 στο Εργαστήριο Πληροφορικής του Βαρβακείου Πειραματικού Γυμνασίου αναπτύχθηκε η εφαρμογή Πολυμέσων με θέμα: «Η ζωή και η δράση του Ιωάννη Βαρβάκη». Θεωρείται ο πρώτος τίτλος πολυμέσων που αναπτύχθηκε από ελληνικό σχολείο και απέσπασε έπαινο στον διαγωνισμό της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για Εκπαιδευτικό Λογισμικό.

Το 1996 αρχίζουν να εκδίδονται το Λεύκωμα (έκδοση των τελειοφοίτων της Βαρβακείου Σχολής) που περιέχει τις δραστηριότητες της χρονιάς και η εφημερίδα «Πυρφόρος»των μαθητικών κοινοτήτων του Γενικού Πειραματικού Λυκείου της Βαρβακείου Σχολής, με ενδιαφέροντα άρθρα. Αντίστοιχα, το Λεύκωμα του Βαρβακείου Πειραματικού Γυμνασίου εκδίδεται για πρώτη φορά το 2000. Παράλληλα, κυκλοφόρησε το μαθητικό περιοδικό «Κοσμοείδωλο» που αντικαταστάθηκε λίγο αργότερα από το «Λογοείδωλο».