Κατά τα σχολικά έτη 1940-1941, 1941-1942, 1942-1943 τα μαθήματα γίνονταν με διακοπές, λόγω του πολέμου και της κατοχής. Ωστόσο οι μαθητές διάβαζαν και μόνοι τους και περνούσαν τις εξετάσεις.
Το έτος 1943-1944 υπήρξε πολύ περιπετειώδες και για την ελληνική παιδεία, ιδιαιτέρως δε για το Βαρβάκειο. Άρχισε την 1ην Σεπτεμβρίου 1943. Το Υπουργείο είχε αποφασίσει να καταργήσει τα Οκτατάξια Γυμνάσια νέου τύπου ως αποτυχόντα και να επαναφέρει την παλιά οργάνωση των σχολείων: Εξατάξιον Δημοτικόν και Εξατάξιον Γυμνάσιον. Οι μαθητές γράφτηκαν και τα μαθήματα υπολογίσθηκε ότι θα ξεκινούσαν στις 17 Σεπτεμβρίου. Το Υπουργείο όμως δίσταζε να διατάξει την έναρξη των μαθημάτων, λόγω των εσωτερικών γεγονότων. Τελικά, ανέβαλε την έναρξη για την 10η Ιανουαρίου 1944, ωστόσο δεν ήταν πεπρωμένο να αρχίσουν τα μαθήματα. Στις 11 Ιανουαρίου 1944, τριάντα πέντε συμμαχικά αεροπλάνα σκόρπισαν τον όλεθρο στον Πειραιά, επειδή εκεί, το λιμάνι, τα εργοστάσια, τα ναυπηγεία εργάζονταν για τους Γερμανούς. Ο πανικός ήταν απερίγραπτος. Κύματα ανθρώπων αλλοφρόνων, 100.000 περίπου, βαδίζοντας πεζή έφτασαν στην Αθήνα. Οι αρχές έσπευσαν να στεγάσουν, όπου μπορούσαν, τους πρόσφυγες. Μεταξύ των πρώτων οικημάτων τα οποία χρησιμοποιήθηκαν ήταν και το Βαρβάκειο, το οποίο στέγασε στις αίθουσες, αλλά και στους διαδρόμους του 720 ανθρώπους, γυναίκες και παιδιά.
Το Υπουργείο μετά από λίγο, για να βρουν μικρή απασχόληση οι μαθητές και για να μπορέσουν να ζήσουν και οι καθηγητές των οποίων ο μισθός δεν επαρκούσε ούτε για τις πιο στοιχειώδεις ανάγκες, επέτρεψε τη λειτουργία Ιδιωτικών Φροντιστηρίων, τα οποία ονόμασε «Κέντρα καθ’ ομάδας διδασκαλίας των μαθητών» με πληρωμή διδάκτρων, υπό τον όρο ότι οι άποροι μαθητές θα παρακολουθούσαν δωρεάν τα μαθήματα. Τέτοιο φροντιστήριο δημιουργήθηκε και από τους καθηγητές της Βαρβακείου Σχολής σε δύο δωμάτια για όλες τις τάξεις, τα οποία νοίκιασε για τον σκοπό αυτό στη Νεάπολη, κοντά στην οδό Μεσολογγίου, το οποίο λειτούργησε για κάποιους μήνες.
Όταν οι κάτοικοι του Πειραιά επανήλθαν στα σπίτια τους, συνεχίσθηκαν τα μαθήματα στο Βαρβάκειο από τις 22 Μαΐου 1944, χωρίς δίδακτρα. Λόγω όμως του υποσιτισμού των μαθητών και των μεγάλων από το σχολείο αποστάσεων από τα σπίτια τους, κάθε τάξη ερχόταν τρεις φορές την εβδομάδα, το πρωί, για τρεις ώρες μόνο κατά τις οποίες γίνονταν τέσσερα μαθήματα. Τα μαθήματα αυτά διακόπηκαν με διαταγή του Υπουργείου την 25η Ιουνίου, για να συνεχισθούν, όπως έλπιζαν, τον Σεπτέμβριο. Με την ίδια διαταγή απαγορεύτηκαν τα Φροντιστήρια κατά το καλοκαίρι. Το Υπουργείο, για να μην αδικηθούν οι τελειόφοιτοι, επέτρεψε να γίνουν απολυτήριοι γι’ αυτούς εξετάσεις από της 3ης-8ης Ιουλίου. Οι τελειόφοιτοι του Βαρβακείου είχαν κάνει σε όλο το έτος 125, περίπου, μαθήματα στο Φροντιστήριο και στο Σχολείο, σε όλη την ύλη του προγράμματος. Μελετούσαν, ωστόσο, στο σπίτι τους, γι’ αυτό και έγραψαν καλά στις εξετάσεις. Από την έκτη του Κλασσικού Γυμνασίου 49, από την έκτη του Πρακτικού Γυμνασίου 47 και 8 από τους μαθητές του Πρακτικού Τμήματος πέτυχαν, κατόπιν, στις εξετάσεις του Πολυτεχνείου, αρκετοί δε από τους άλλους μπήκαν σε άλλες Ανώτατες Σχολές του Κράτους. Με τους απολυθέντες αυτούς μαθητές τον Ιούλιο του 1944 σταμάτησε τη λειτουργία του και το Εξατάξιον Γυμνάσιον παλαιού τύπου.
Στις 12 Οκτωβρίου 1944 οι κατακτητές Γερμανοί εγκατέλειψαν την Αθήνα και στις 18 Οκτωβρίου 1944 η Κυβέρνησις της Εθνικής Ενώσεως ύψωσε πανηγυρικά στην Ακρόπολη των Αθηνών την ελληνική σημαία. Λίγο αργότερα ακολούθησαν τα γεγονότα του Δεκεμβρίου, τα οποία έληξαν στην Αθήνα στις 5 Ιανουαρίου 1945, όταν αποχώρησαν τα στρατεύματα του ΕΛΑΣ και μετά από κάποιες ημέρες σε όλη την Ελλάδα, αφού υπεγράφη η συμφωνία της Βάρκιζας.
Θύμα των Δεκεμβριανών υπήρξε και το «Βαρβάκειον Λύκειον», το οποίο λεηλατήθηκε και πυρπολήθηκε κατά την 28η και 29η Δεκεμβρίου χωρίς να διασωθεί τίποτε από αυτό, εκτός από τους τοίχους. Έτσι καταστράφηκε η πολύτιμη βιβλιοθήκη του Διδασκαλείου Μέσης Εκπαιδεύσεως (με την οποία είχε ενωθεί η βιβλιοθήκη του παλαιού Πρακτικού Λυκείου), όλες οι πλούσιες μαθητικές βιβλιοθήκες των Προτύπων Σχολείων, όλα τα όργανα της Φυσικής, της Χημείας και της Βιολογίας, μεταξύ των οποίων και 16 μικροσκόπια Τσάις που είχαν αποκτηθεί το 1920, το πιάνο, οι ορυκτολογικές συλλογές, μεταξύ των οποίων η πολυτιμότατη Βοταναλογική Συλλογή, οι συλλογές των χαρτών και των ιστορικών πινάκων και το σπουδαιότερο, το από του 1886 Αρχείο του Βαρβακείου Λυκείου και τα από του 1910 Αρχεία του Διδασκαλείου της Μέσης Εκπαιδεύσεως και των Προτύπων Σχολείων του (Κλασσικού Γυμνασίου και Ελληνικού Σχολείου).
Στη συνέχεια, το Διδασκαλείον και τα Πρότυπα σχολεία του φιλοξενήθηκαν κατά τις μεσημβρινές ώρες στο Θ΄ Γυμνάσιον, στην πλατεία Κουμουνδούρου και στο πλησίον ευρισκόμενο Δ΄ Γυμνάσιο Αρρένων, στην οδό Μέτωνος. Στο μεν Θ’ Γυμνάσιο λειτούργησαν οι 8 κατώτερες τάξεις, στο δε Δ΄ οι 4 ανώτερες, το Διδασκαλείον και το Γραφείο του Σχολείου. Τα μαθήματα επαναλήφθηκαν την 22α Ιανουαρίου 1945, αλλά μία, μόνον, εβδομάδα έγιναν μαθήματα. Ο Υπουργός της Παιδείας της Κυβέρνησης Πλαστήρα που ανέλαβε στις 3 Ιανουαρίου, ο Κ. Άμαντος, αποφάσισε να κηρύξει τη λήξη του σχολικού έτους με διαταγή του. Οι προαγωγικές εξετάσεις των μαθητών έπρεπε να γίνουν μέσα στο πρώτο δεκαήμερο του Φεβρουαρίου με τη μεγαλύτερη, όπως έπρεπε, επιείκεια. Σε αυτές είχε δικαίωμα να προσέλθει κάθε μαθητής εγγεγραμμένος στο μαθητολόγιο, είτε είχε φοιτήσει είτε όχι. Έτσι, στις 18 Φεβρουαρίου 1945 έληξε το θλιβερότατο για την Ελλάδα και την ελληνική παιδεία, ιδιαίτερα δε για το Βαρβάκειο, σχολικό έτος 1943-1944.
Το νέο σχολικό έτος 1945 άρχισε στις 19 Φεβρουαρίου 1945. Και πάλι το Βαρβάκειο φιλοξενήθηκε στο Δ΄ και στο Θ΄ Γυμνάσιο. Τα μαθήματα γίνονταν από τις 2 – 5.30 μ.μ. Η Γυμναστική γινόταν κατά τις τελευταίες ώρες, των περισσότερων τμημάτων στην αυλή του Θ’ Γυμνασίου, των ανώτερων όμως τάξεων στην αυλή του Βαρβακείου, στο οποίο είχε αφεθεί σε λειτουργία μόνον η εξωτερική σιδερένια θύρα επί της οδού Αριστογείτονος. Τα μαθήματα εξακολούθησαν τακτικά μέχρι της 20ης Ιουνίου, σύμφωνα με τη διαταγή του Υπουργείου, οι συνθήκες εργασίας όμως ήταν πολύ δύσκολες λόγω του ακαταλλήλου των κτηρίων, τα οποία είχαν κι αυτά υποστεί τις συνέπειες των Δεκεμβριανών.
Ευτυχώς, με τις ενέργειες του Διευθυντή του Διδασκαλείου κατορθώθηκε από τον Σεπτέμβριο 1945 να στεγαστεί η Βαρβάκειος Πρότυπος Σχολή σε ωραίο οίκημα, στο διδακτήριο του Α΄ και του Γ΄ Δημοτικού Σχολείου, στην οδό Κωλέττη. Το κτήριο, που είχε σχεδιαστεί από τον διαπρεπή αρχιτέκτονα του Μοντέρνου Κινήματος Νικόλαο Μητσάκη, κατά την Κατοχή χρησιμοποιήθηκε ως Νοσοκομείο, στη συνέχεια καθαρίσθηκε και στέγασε πάλι τα δύο Δημοτικά Σχολεία και κατά τις μεσημβρινές ώρες τη Βαρβάκειο Σχολή.
Οι μαθητές έμειναν πολύ ευχαριστημένοι. Η θέση του σχολείου ήταν πολύ καλή. Κέντρο (10 βήματα από την Κάνιγγος), αλλά συγχρόνως απόκεντρο, γιατί ο δρόμος είναι στενός και πολύ λίγα τροχοφόρα περνούν από εκεί. Από τον δρόμο υπήρχε ησυχία απόλυτη και μέσα φως, καθαριότητα και χαρά. Δώδεκα αίθουσες διδασκαλίας, ανά τέσσερις στα τρία πατώματα. Μεγάλα παράθυρα – σχεδόν όλος ο τοίχος - άφηναν να μπαίνει άπλετο το φως στις αίθουσες. Μεγάλο μέρος του ανατολικού ή δυτικού τοίχου ήταν μετασχηματισμένο σε πίνακες «σε αυτούς ευχαριστηθήκαμε μαθηματικά και διαγράμματα ιστορίας» έγραφαν οι μαθητές στις εκθέσεις τους. Δύο μειονεκτήματα βρήκαν οι μαθητές: πρώτον, η αυλή δεν είχε πολύ χώρο για τη γυμναστική και δεύτερον, τα θρανία ήταν «μικροσκοπικά» και οι μαθητές των μεγάλων τάξεων «παιδεύονται να βολέψουν μέσα σε αυτά τα πόδια τους. Ευτυχείς οι ακραίοι, οι οποίοι μπορούν να τα βγάζουν έξω». Άλλη έλλειψη του σχολείου ήταν ότι είχε 12 αίθουσες, ενώ χρειάζονταν 13 (12 για τις τάξεις των Προτύπων και άλλη μία για τους φοιτώντες στο Διδασκαλείον). Γι’ αυτό το λόγο η Διεύθυνση αναγκάσθηκε να «σχολάζει» κάθε 12 ημέρες μία τάξη κατά τις τελευταίες ώρες, όταν άκουαν τα θεωρητικά μαθήματα οι δόκιμοι.
Το σχολικό έτος 1946 είχε διάρκεια από τον Ιανουάριο έως τον Ιούνιο. Κατά το διάστημα του έτους το Σχολείο στερείτο χρημάτων για να καλύψει και τις στοιχειωδέστερες ανάγκες του. Δεν υπήρχαν καν χάρτες, ούτε γεωγραφικοί ούτε ιστορικοί. Γι’ αυτό η Διεύθυνση του Σχολείου αναγκάσθηκε να παρακαλέσει τους μαθητές να συνεισφέρουν και έτσι με τους εράνους αγοράσθηκαν αντί 300.000 δραχμών, της εποχής εκείνης, οι σχετικοί χάρτες του Δημητράκου. Αυτά έχοντας υπόψη της η Σχολική Εφορία έκρινε ότι δεν έπρεπε να μένει ανεκμετάλλευτος ο χώρος του ερειπίου του Βαρβακείου, σε τόσο κεντρικό μέρος, ενώ το Σχολείο στερείτο αναγκαιοτάτων πραγμάτων. Έτσι προέβη σε πλειοδοτική δημοπρασία για διετή ενοικίαση τμημάτων του ασκεπούς χώρου, με τον όρο ότι οι ενοικιαστές θα έπρεπε με δικά τους έξοδα να προβούν στη στέγαση, κατασκευή θυρών και τον εν γένει ευπρεπισμό των χώρων. Έτσι κατορθώθηκε να ενοικιασθεί η προς την οδό Σωκράτους πλευρά και τμήμα της παρά την οδό Αριστογείτονος πλευράς του Βαρβακείου και εγκαταστάθηκαν στα διαμορφωμένα εκεί μαγαζιά διάφοροι έμποροι.
Από το σχολικό έτος 1946-1947 η Σχολή βρήκε τον παλαιό ρυθμό της. Το επόμενο δε σχολικό έτος ο τότε Υπουργός Αντώνιος Παπαδήμος με απόφασή του καθιέρωσε να απονέμονται χρηματικά βραβεία 100.000 δραχμών στον πρωτεύσαντα δια την επιμέλεια και το ήθος μαθητή κάθε τάξεως Γυμνασίου και Εμπορικής Σχολής και τρεις έπαινοι για τους τρεις επόμενους. Σύμφωνα με τη διαταγή ο Σύλλογος της Σχολής μετά την έκδοση των αποτελεσμάτων όριζε τους κριθέντες άξιους του βραβείου και των επαίνων 24 μαθητές της Σχολής. Τα χρήματα από το Σχολικό Ταμείο και τα σχετικά διπλώματα επιδίδονταν δημόσια στους πρωτεύσαντες την ημέρα του εορτασμού της Σημαίας.
Και κατά το έτος 1948-1949 εξακολούθησε κανονικά η λειτουργία της Σχολής. Η φήμη του Βαρβακείου ως λαμπρά και πάλι εργαζομένου σχολείου, με εκλεκτό προσωπικό, είχε εδραιωθεί και οι γονείς των επιλαχόντων μαθητών, παρά το γεγονός ότι τα μαθήματα γίνονταν τις μεσημβρινές ώρες σε διδακτήριο χωρίς επαρκή αυλή και χωρίς επαρκή όργανα διδασκαλίας πίεσαν το Υπουργείο να ιδρυθεί και τρίτο τμήμα. Το Υπουργείο υποχώρησε και κατόπιν διαταγής του από τις 28 Σεπτεμβρίου 1948 εκλήθησαν για να εγγραφούν κι άλλοι 40 μαθητές στη Γ΄ (Α΄) τάξη. Οι αίθουσες όμως παρέμειναν οι ίδιες, έτσι από τα 13 τμήματα ένα, πάλι εκ περιτροπής, δεν ερχόταν στο σχολείο.
Η Βαρβάκειος Σχολή ούτε σχολική ζωή δεν μπορούσε να δημιουργήσει ούτε, όπως άρμοζε σε πρότυπο σχολείο, να λειτουργήσει, εφ’ όσον στερείτο κατάλληλου οικοδομήματος. Γι’ αυτό ο Διευθυντής του Διδασκαλείου εξέθετε κάθε χρόνο στο Υπουργείο τη θλιβερή κατάσταση και παρακαλούσε να βρεθεί καταλληλότερο διδακτήριο. Προς στιγμή γεννήθηκε η ελπίδα ότι θα μπορούσε να εγκατασταθεί το Σχολείο στη Γερμανική Σχολή, κοντά στον Άγιο Νικόλαο Πευκακίων, η οποία είχε περιέλθει στο Κράτος. Αλλά η ελπίδα ματαιώθηκε, διότι αμέσως μετά την εκκένωσή της από τους Άγγλους, οι οποίοι την κατείχαν, καταλήφθηκε με διαταγή του Υπουργείου Στρατιωτικών από το «Ινστιτούτο Ερεύνης Νοσημάτων του Θώρακος». Γι’ αυτό και ο Διευθυντής, εντονότερα το έτος αυτό, παρακάλεσε το Υπουργείο Παιδείας να λύσει το ζήτημα αυτό, το τόσο ζωτικό για την καλή λειτουργία και την περαιτέρω εξέλιξη του ιστορικού σχολείου. Και πράγματι η Κυβέρνηση συγκινήθηκε και ο πρωθυπουργός Θ. Σοφούλης κατ’ εισήγηση του τότε Υπουργού της Παιδείας Κων/νου Τσάτσου, συνέστησε με απόφασή του στις 29 Μαρτίου 1949 Επιτροπεία «δια την ρύθμισιν του ζητήματος της στεγάσεως της Βαρβακείου Προτύπου Σχολής και της τύχης του πυρποληθέντος διδακτηρίου της». Αυτή αποτελείτο από επτά μέλη: 1) τρεις αντιπροσώπους των Υπουργείων Οικονομικών, Παιδείας και Δημοσίων Έργων 2) ένα αντιπρόσωπο του Δήμου Αθηναίων 3) ένα αντιπρόσωπο της Σχολικής Εφορείας της Βαρβακείου Σχολής και 4) δύο άλλους αντιπροσώπους, έναν του Τεχνικού Επιμελητηρίου κι έναν του Εμποροβιομηχανικού.
Η Επιτροπεία συνήλθε αρκετές φορές, συζήτησε περί διαφόρων λύσεων, αλλά δεν κατέληξε σε κάτι συγκεκριμένο και ούτε εισηγήθηκε κάτι. Η Σχολική Εφορεία είχε στο μεταξύ κι αυτή επιληφθεί του ζητήματος και κατέληξε στο συμπέρασμα ότι δεν ήταν ορθό να ανοικοδομηθεί το Σχολείο στη μέση της πολυθόρυβης αγοράς και ότι ήταν προτιμότερο να οικοδομηθεί στο ευρύ οικόπεδο, πολυώροφο κτήριο για εκμετάλλευση, ώστε από τις προσόδους του να ανεγερθεί σε άλλη θέση ηρεμότερη νέο «Βαρβάκειον Λύκειον». Παρακάλεσε τον παλαιό μαθητή του σχολείου αρχιτέκτονα Β. Κασσάνδρα να προετοιμάσει μελέτη για ανοικοδόμηση τέτοιου κτηρίου. Πράγματι αυτός, στα τέλη του έτους, παρουσίασε στη Σχολική Εφορεία λεπτομερή σχέδια πολυωρόφου κτηρίου. Αυτά, αφού εγκρίθηκαν αμέσως από την Σχολική Εφορεία, υπεβλήθησαν για περαιτέρω έγκριση στους αρμόδιους αλλά, δυστυχώς, δεν έγιναν δεκτά και έτσι η λύση ματαιώθηκε. Ας σημειωθεί ότι, όπως είπε στη Σχολική Εφορεία, ο Β. Κασσάνδρας είχε βρει και τα απαιτούμενα κεφάλαια για την οικοδόμηση από διάφορους Οργανισμούς, οι οποίοι έχοντας περισσεύματα εκατομμυρίων, επειδή φοβούνταν μήπως εξανεμισθούν, ζητούσαν να τα επενδύσουν σε μια προσοδοφόρα και τόσο ασφαλή οικοδομή.
Επειδή ο Δήμος έδειξε διαθέσεις να καταλάβει την αυλή στην αγορά, για να τοποθετήσει εκεί και άλλους μικρεμπόρους, η Διεύθυνση του Σχολείου αποφάσισε να χρησιμοποιηθεί πάλι αυτή για τις γυμναστικές ασκήσεις των μεγαλύτερων τάξεων. Για το σκοπό αυτό ιδρύθηκε στη βόρεια πλευρά αυτής, όπως υπήρχε άλλοτε, αλλά στο μισό τώρα αυτής, υπόστεγο με ξύλινη στέγη και σιδηρά ελάσματα καρφωτά, ώστε να προφυλάσσονται εκεί οι μαθητές σε καιρό βροχής, επιδιορθώθηκε η υδραυλική εγκατάσταση, ώστε να είναι δυνατό να καταβρέχεται η αυλή και να έχουν νερό να πίνουν και να πλένονται οι μαθητές, σκάφτηκε σκάμμα και από τις 8 Ιανουαρίου πήγαιναν οι μαθητές των τεσσάρων ανωτέρων τάξεων και γυμνάζονταν εκεί. Έτσι αποσοβήθηκε ο κίνδυνος κατάληψης της αυλής.