Τα δύο «Βαρβάκεια Γυμνάσια» συνεχίζουν να λειτουργούν στο διδακτήριο του Βαρβακείου, στο τετράγωνο που ορίζουν οι οδοί Σωκράτους, Αρμοδίου, Αριστογείτονος και Αθηνάς, το δε «Βαρβάκειον (Πρακτικόν) Λύκειον» συνεχίζει τη λειτουργία του στο κτήριο της οδού Βουλής. Είχαν, όμως, αρχίσει οι διεργασίες για τη μεταφορά του «Βαρβακείου (Πρακτικού) Λυκείου» στο διδακτήριο της οδού Αθηνάς.
Στη μεγάλη αίθουσα του επάνω ορόφου του διδακτηρίου αυτού διεξήχθη η δίκη του Ι. Κωσταγερακάρη, ο οποίος δολοφόνησε τον πρωθυπουργό Θεόδωρο Δηλιγιάννη την 31η Μαΐου 1905 και, φυσικά, χρησιμοποιήθηκε πάρα πολύ για διαλέξεις ποικίλου περιεχομένου και εκπαιδευτικά συνέδρια για την πνευματική αναγέννηση της χώρας.